Lille vindmøller til at omdanne kinetisk energi fra vind direkte til varme støder på flere betydelige udfordringer, der begrænser deres anvendelighed og popularitet. For det første er omformningen af energi fra vind til elektricitet og derefter til varme ikke særligt effektiv. Hvis målet er varmeproduktion, findes der mere direkte og effektive metoder som solvarmepaneler eller geotermiske varmepumper, som tilbyder højere effektivitetsgrad og dermed mere økonomisk brug.
For det andet indebærer installation og vedligeholdelse af vindmøller, selv i lille skala, omkostninger, der kan afvise mange potentielle brugere. Kostnaderne inkluderer ikke kun selve enheden men også den nødvendige infrastruktur såsom stærke fundamenter og ledningsføring. Det betyder, at der ofte vil være en lang tilbagebetalingstid, før investeringen bliver rentabel, hvilket i mange tilfælde gør alternative energikilder mere tiltrækkende.
Endelig spiller lokation en afgørende rolle for en vindmølles effektivitet. Ikke alle geografiske områder er velegnede til vindenergi på grund af utilstrækkelige eller for variable vindforhold. Dette begrænser anvendelsesområderne for små vindmøller betydeligt, især til varmeproduktion, hvor der kræves en konstant og pålidelig energikilde.